1. 與CRISPR旗鼓相當的新一代RNAi

      【字體: 時間:2015年06月17日 來源:生物通

      編輯推薦:

        此前,加州大學舊金山分校的研究團隊通過建立超復雜混合shRNA文庫,在很大程度上克服了RNAi用于全基因組篩選時的脫靶效應,F在他們通過系統改良進一步增強了shRNA的活性,向人們展示了靶標人類和小鼠基因組的新一代shRNA文庫。這一成果發表在近期的美國國家科學院院刊PNAS雜志上。

        

      生物通報道:基因篩選是經典的生物學研究方法,可以鑒定在某一生物學過程中起作用的基因。哺乳動物細胞的基因篩選一般是在RNA干擾(RNAi)的基礎上進行的。

      1998Andrew Fire Craig Mello兩位科學家首次在線蟲中證明了RNAi的存在,他們也因此獲得了諾貝爾生理/醫學獎。2001年馬普研究所的科學家們又在哺乳動物中發現了RNAi特異性沉默機制。這一技術隨即成為了反向遺傳學的重要工具,被視為靶向任何基因的“神奇子彈”。

      RNAi是通過引入siRNA或者shRNA,讓細胞降解相應的mRNA,通過功能缺失表型來進行基因篩選。不過RNAi比較容易出現錯誤,siRNA/shRNA的脫靶效應會引起假陽性結果,siRNA/shRNA缺乏活性會引起假陰性結果。

      此前,加州大學舊金山分校的研究團隊通過建立超復雜混合shRNA文庫(ultracomplex pooled short-hairpin RNA libraries),在很大程度上克服了RNAi用于全基因組篩選時的脫靶效應,F在他們通過系統改良進一步增強了shRNA的活性,向人們展示了靶標人類和小鼠基因組的新一代shRNA文庫。這一成果發表在近期的美國國家科學院院刊PNAS雜志上,文章的資深作者是加州大學舊金山分校的Jonathan S. WeissmanMartin Kampmann。

      Weissman等人之前還開發過基于CRISPR的基因篩選技術,稱為CRISPR干擾(CRISPRi)。CRISPR原本是細菌抵御病毒的重要武器,現在它已經成為了科學研究的強大工具。雖然CRISPRi在哺乳動物細胞中有很大的應用潛力,但在某些情況下RNAi篩選依然是研究者們的首選。(延伸閱讀:Cell重要成果:基因表達沉默新技術

      在這項研究中,研究人員對自己的shRNA文庫進行了多方面的優化,包括向導鏈的選擇以及shRNA表達的啟動子和microRNA環境。他們還考慮到了篩選后的樣本制備,以便進行深度測序。研究人員建立了靶向人類和小鼠蛋白編碼基因的新一代文庫,并根據生物學功能將其分為12個亞文庫。  

                                     立即索取Life Tech CRISPR載體的最新資料

      研究表明,新一代RNAi文庫在測試中的表現與CRISPRi旗鼓相當,能夠獲得高靈敏度和高特異性的互補性結果。

       

      生物通編輯:葉予

      生物通推薦原文:Next-generation libraries for robust RNA interference-based genome-wide screens

      相關新聞
      生物通微信公眾號
      微信
      新浪微博
      • 搜索
      • 國際
      • 國內
      • 人物
      • 產業
      • 熱點
      • 科普
      • 急聘職位
      • 高薪職位

      知名企業招聘

      熱點排行

        今日動態 | 人才市場 | 新技術專欄 | 中國科學人 | 云展臺 | 實驗云展廳 | 云講堂直播 | 會展中心 | 特價專欄 | 免費試用 | 有獎調研

        版權所有 生物通

        Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

        聯系信箱:

        粵ICP備09063491號

        CHINESEFREEXXXX中国偷拍